RAW＋JPEG のペア

RAWで撮影されたイメージを読み込む際に、同時に作成されたJPEGファイルなどを含んでいる場合にどのように処理するかを設定します。

両方（JPEG をマスター）	JPEGをマスターとしてRAWとJPEGを両方を読み込みます。
両方（RAW をマスター）	RAWをマスターとしてRAWとJPEGを両方を読み込みます。
両方（別々のマスター）	RAWとJPEGを個別のイメージとして（＝マスター）読み込みます。
JPEG ファイルのみ	JPEGファイルのみを読み込みます。
RAW ファイルのみ	RAWファイルのみを読み込みます。
一致するRAWファイルのみ	先にペアとなるJPEGファイルだけを読み込んで、後にRAWを読み込む際に使用します。その際に読み込むRAWの対象を設定する事ができます。

一致するすべてのファイル	組み合わせが成立するRAWファイルをすべて読み込みます。
レート未設定またはそれ以上	「不採用」が設定されている以外のイメージの組み合わせのRAWを読み込みます。
現在のフィルタ	対象のプロジェクトで既にフィルタが適用されている場合、その結果のイメージの組み合わせのRAWファイルのみを読み込みます。

注意点として「一致するRAWファイルのみ」はプロジェクト単位で機能するため、使用するには目的のプロジェクトを選択しておく必要があります。選択していない場合は「対象」ポップアップメニューが表示されません。

デフォルトの状態では「両方（JPEG をマスター）」に設定されています。この設定ではマスターがJPEGになっているためにRAW本来のメリット活かせません。RAWでの調整を前提としているならばマスターをRAWに切り替えるべきです。
カメラ側のスタイルエフェクト機能はRAW に反映されません。カメラ側でのエフェクト効果を活用されたい場合はJPEGをマスターにされるか、RAWで調整をおこない可能な限り再現する操作、もしくは調整プリセットを作成して適用すべきです。
残念ながら一度マスターとして読み込まれたRAW+JPEGの組み合わせのファイルを片方だけを後で削除することはできません。（参考記事　https://discussionsjapan.apple.com/message/100570337#100570337）

※以前、コメント欄にある「RAWをマスターとして設定／JPEGをマスターとして設定」の切り替えに関しては別途「「RAWをマスターとして設定」／「JPEGをマスターとして設定」」に移動しました。

Aperture Note